non ho ben capito come funziona il tuo script, ma prova questo:

codice:
MovieClip.prototype.fadeIn = function(interval) {
	clearInterval(this.ID_fadeIn);
	this._alpha++;
	if (this._alpha<100) {
		this.ID_fadeIn = setInterval(this, "fadeIn", interval, interval);
	}
	updateAfterEvent();
};
Array.prototype.shuffle = function() {
	var _length = this.length;
	var _local_array = new Array();
	for (var i = 0; i<_length; i++) {
		var _rnd = Math.floor((this.length-1)*Math.random());
		this.push(this[_rnd]);
		this.splice(_rnd, 1);
	}
};
//--------------------------
function fadeInOne(array, interval) {
	clearInterval(_root.ID_fadeInOne);
	if (array.length>0) {
		var _interval = 10; //modifica questo valore per regolare il tempo di fadeIn  
		array.pop().fadeIn(_interval);
		_root.ID_fadeInOne = setInterval(fadeInOne, interval, array, interval);
	}
	updateAfterEvent();
}
n_foto = 16;
foto_array = new Array();
for (var i = 1; i<=n_foto; i++) {
	this["mc"+i]._alpha = 0;
	foto_array.push(this["mc"+i]);
}
foto_array.shuffle();
temp_array = foto_array;
interval = 500; //modifica questo valore per regolare il tempo tra la comparsa di un mc e il successivo 
_root.ID_fadeInOne = setInterval(fadeInOne, interval, temp_array, interval);