sei stato chiaro ... io conosco molto poco IIS ma non penso che sia un problema di appartenenza al dominio .... come li scarichi i file ?
da quello che ne so i file scaricabili dovrebbero essere di proprietà dell'utente con cui gira IIS e dovrebbe essere abilitato il loro download dal momento che è IIS che cerca di leggere il file su disco e renderlo disponibile.