la JTable è solo una vista di un modello dati ... è sempre legata ai record passati, infatti variando il modello varia anche la vista.
50000 .. tutti in una sola visualizzazione????
Secondo me basterebbe applicare qualche filtro, o proporre dei tasti per lo scroll a record ed eseguire quindi query che forniscano solo una parte dei dati totali. A parte tutti i problemi di carico di memoria .... non credo sia divertente scrollare una tabella di 50000 record in cerca di una riga particolare.