Per avviare Apache dovrebbe bastare dare httpd da riga di comando (penso tu lo debba dare da root). Comunque, visto che quel file dovrebbe servirti solo per l'SSL, se hai in previsione di usarlo reinstalla Apache, se no credo tu possa andare lo stesso. Oppure, prova a ricostruirlo dando quel make certificate come specificato nella descrizione che hai postato.