Per fermarlo, sempre da riga di comando fai pkill -9 httpd
Per quanto riguarda il file, può essere benissimo che sono un pignolone che non ha di meglio da fare , però secondo me c'è un motivo se l'hanno messo in due cartelle diverse. Poi ti dico, usando Apache in maniera semplice, non ho da lavorare con SSL e certificati, quindi non saprei dirti molto su questo punto di vista