Con un AMIBios si può fare:
Collega l'hard disk A come primary master. Installa Win2000.

Scollega l'hard disk A.

Collega l'hard disk B come primary master. Installa Win2000.

Scollega tutto.

Collega entrambi gli hard disk, l'A come primary master e il B come primary slave. Io li metterei così perchè presuppongo che non avrai bisogno spesso di trasferire spesso grandi quantità di dati dall'hard disk A al B, mentre potrai agevolmente masterizzare con un masterizzatore sulla IDE secondaria con entrambi i Win2000.

Quello che colleghi come primary master verrà identificato nel BIOS come HDD-0, quello che colleghi come primary slave sarà HDD-1.

All'avvio, attraverso il BIOS, vai nelle "Advanced BIOS Features" - "First Boot Device" e scegli se partire con HDD-0 oppure HDD-1.

Il disco con cui partirai sarà sempre C: mentre l'altro sarà sempre E: (D: è il CDROM).