codice:
char* s = "";  /* Questa è la stringa dove viene caricata ogni riga */
FILE* FileIn = fopen("TuoFile.txt","r");

while(!feof(FileIn)) {
   fgets(s,1000,FileIn);  /* Leggi una riga intera, o meglio legge 1000 caratteri se nn trova prima il terminatore di riga \n */
   ...     /* Fai le tue operazioni sulla stringa */
}
Teoricamente dovrebbe andare...