codice:
#include <string.h>
#include <stdio.h>
int main(){
char* t= "termine da trovare";
char* s = "";  /* Questa è la stringa dove viene caricata ogni riga */
FILE* FileIn = fopen("TuoFile.txt","r");

while(!feof(FileIn)) {
   fgets(s,1000,FileIn);  /* Leggi una riga intera, o meglio legge 1000 caratteri se nn trova prima il terminatore di riga \n */
if (strstr(t,s))
   ...     /* Fai le tue operazioni sulla stringa */
}
strstr controlla se una stringa e' presente all' interno di un altra.
P.S.
cosi' accedi sequenzialmente il file e potrebbe rivelarsi dispendioso in termini di tempo...

se vuoi ottimizzare i tempi dovresti organizzare
il file in un archivio hash,oppure un archivio con indice e poi effettuare la ricerca nicotomica(bisezione)

oppure se l'archivio e' ordinato utilizzare tecniche come le liste concatenate o gli alberi binari per velocizzare la ricerca.