Prova questo codice:

"riga" è un char* che contiene la riga intera del tuo file.

codice:
char* s = strtok(riga," ");
while(s) {     /* Con file devi sostituire il nome del tuo file */
    if(atoi(s))
        /* Questo è un numero */
    s = strtok(NULL," ");
}
Questo codice stampa tutti i numeri contenuti nella riga, con l'incoveniente che se trova uno 0 non lo riconosce, se può andare ci accontentiamo sennò troviamo una soluzione