si riesce può farlo così
javascript da includere
codice:
//CAMBIA IL FOGLIO DI STILE

//scrive la cookie
function createCookie(name,value,days) {
  if (days) {
    var date = new Date();
    date.setTime(date.getTime()+(days*24*60*60*1000));
    var expires = '; expires='+date.toGMTString();
  }
  else expires = '';
  document.cookie = name+'='+value+expires+'; path=/';
}

//legge la cookie
function readCookie(name) {
  var nameEQ = name + '=';
  var ca = document.cookie.split(';');
  for(var i=0;i < ca.length;i++) {
    var c = ca[i];
    while (c.charAt(0)==' ') c = c.substring(1,c.length);
    if (c.indexOf(nameEQ) == 0) return c.substring(nameEQ.length,c.length);
  }
//  return null;
}

//applica il foglio di stile
function setCSShref(nome_file_css) {
var link_ = document.getElementsByTagName("link");
var $i=0;
	for ($i=0;$i<link_.length;$i++){
		if(link_[$i].getAttribute("title") !=""){
			tmp=link_[$i].getAttribute("href");
			/*Opera inserisce tutto il percorso con anche http. va tolto altrimenti non funziona*/
			if(tmp.indexOf("http://")!=-1){
				tmp=tmp.substring(tmp.indexOf("/",8),tmp.length)
			}
				if(tmp == nome_file_css + ".css"){
			    	link_[$i].disabled = false;
				}
				else{
					link_[$i].disabled = true;
				}
		}
	}
createCookie('skinUtente',nome_file_css,365);
}

window.onload = function () {
	nome_file_css = readCookie('skinUtente');
	if(nome_file_css){
		setCSShref(nome_file_css);
	}
	else{
		nome_file_css="/moduli/screen"
	}
	createCookie('skinUtente',nome_file_css,365);	
}
link
Collegamento ai css in pagina
codice:
	<link rel="stylesheet" href="/moduli/screen.css" type="text/css" media="all" title="default" />
	<link rel="alternate stylesheet" href="/moduli/screenHV.css" type="text/css" media="all" title="Alta visibilit&agrave;" />
Dovrebbe bastare cambiare il valore in fondo al js di nome_file_css. Quello è il css da usare quando è appena caricata la pagina per la prima volta.
Alla funzione del link devi passare il percorso del css senza l'estensione.
Prova se va