1)
Dato che ogni link porta ad una nuova pagina con un nuovo swf, potresti dividere la pagina in 2 frame: uno superiore dove posizionere il menu, uno inferiore dove posizionare la pagina.
Così il menu rimane sempre lo stesso, e se apri delle sezioni, rimangono aperte.

2)
Potresti fare tutto in un'unica pagina html, e caricare i contenuti all'interno di un swf di base che contiene anche il menu, così il menu rimane sempre lo stesso, e se apri delle sezioni, rimangono aperte.