Con una situazione del genere c'è poco da recuperare.
La rimozione dei virus non significa che i virus stessi non abbiano già danneggiato file di sistema che ora non funzionano più a dovere.

Tenta prima un ripristino dei file con System Information e il disco di Win98 inserito. Se non riesci a riparare i file, allora ti tocca formattare. Non è Word che non funziona ma il sistema...

Ciao,

NAP