Anche io ho questo problema o almeno credo si tratti dello stesso. Premetto che col js sono una schiappa, provo a spiegare:

Ottengo l'oggetto che voglio modificare, ossia dalla pagina che ha generato il mio pop up:
var objD = window.opener.document.getElementById("idoggetto") ;
objD.className = "classe1";

fin quà nessun problema, riesco a modificare la classe, ora viene il quesito di salvo (se ho capito bene))
objD.onMouseOver = alert('ciao');

impostando una funzione all'evento, viene subito eseguita, come si fa a fare in modo che venga solo cambiata nel tag e quindi eseguita al normale passaggio del mouse, dopo la chiusura del pop up?

Il mio problema è simile, non riesco a cambiare la classe, probabilmente il solito problema di sintassi

objD.onMouseOver = className="classe2";
objD.onMouseOver = "className='classe2'";
objD.onMouseOut.className = "classe1";

ho provato di tutto, qualcuno sa come posso fare?

Grazie dell'aiuto, siete veramente degli esperti.