penso sia la soluzione migliore:
nel frame in cui la pagina si è aperta tutta:
metti il comando loadMovie("File.swf", "_root.tuo mc");
così dovrebbe andare
e se tu usi per tutte le pag un unico contenitore non avrai neanche il probblema della sovrapposizione, perchè uno scarterà l'altro
prova così ciao