Non mi è mai capitato, ma per quel poco che so, mi sembra che rundll serva a caricare altri programmi o componenti. Per cui potrebbe essere che all'avvio ti venga caricato qualcosa in automatico, e che al momento della chiusura non venga chiuso. Potrebbe essere qualcosa tipo virus o spyware. Prova a fare un controllo per entrambi. Altrimenti puoi provare a guardare nei "processi" (ma non sono sicuro che ti venga mostrato anche quello che è stato caricato oltre a rundll), scoprire il nome dell'applicazione che ti crea problemi e rimuoverla.