Probablimente verrai spostato su PHP o ASP...
Cmq, hai spostato il sito della società che girava su IIS sull'altro pc, ma chiaramente (spero..) non avrai mica installato IIS insieme ad Apache sull'altra macchina, VERO??
Era solo x chiarire, perchè se così fosse il problem è quasi sicuramente quello.

Altro chiarimento, il calo di prestazioni si verifica solo sul sito che hai "mosso", o è una condizione generale di tutti i siti?
Perchè nel secondo caso sarebbe buona cosa che quantificassi il carico di lavoro del "server", ossia a quante richieste mediamente deve rispondere contemporaneamente, quali mansioni ha oltre che web-server....