si quello lascialo stare
scompatti il nuovo kernel poi dai il solito

ln -s linux-2.6.5 linux
poi entri e dai i soliti comandi

make

make modules_install
make install

se non correggi lilo prima dara errore poi basta correggere lilo e dare il comando

lilo per sistemare

se hai suse probabilmente vorra anche initrd
controlla lilo attuale ed eventualmente devi dare anche makeinitdr o mkinitdr non ricordo
mkinitdr se non c'è va installato