codice:
my $query = "UPDATE tabella1 SET campo1=valore1 ;"; 
$query .= "UPDATE tabella2 SET campo2=valore2 ";
per molti motivi è meglio non usare questa forma, ma eseguire una query per volta. Vedi esempio dopo.
codice:
my $ins=$dbh->prepare("$query"); 
$ins->execute(); 
$ins->finish();
il prepare si usa per i select e simili non per insert update, ecc, dove si usa il metodo "do".

quindi il tuo codice potrebbe essere:

codice:
my @query = (
"UPDATE tabella1 SET campo1=valore1",
"UPDATE tabella2 SET campo2=valore2"
);

foreach $query (@query) {
$dbh->do($query);
}