stai facendo confusione...sulla timeline di ogni fla,sia per comodità,sia proprio per esigenza viene data la possibilità di posizionare gli oggetti su livelli differenti.Il più basso sarà quello sul quale tutto verrà sovrapposto.
Una volta compilato e pubblicato quello diventa _level0 che è poi uguale a _root...
Se vuoi caricare sopra dovrai farlo da 1 in sù...per cui se carichi pippo.swf sul livello 1 e gigio.swf sul livello 2,il secondo sarà piazzato sopra il secondo....insomma sono le due meno venti non puoi pretendere chiarezza
http://flash-mx.html.it/articoli/vie...?idarticolo=12
beccati quest'articolo che ti chiarisce meglio le idee