ho risolto
<script language="JavaScript">

windowWidth=500;
windowHeight=500;
if (parseInt(navigator.appVersion) >= 4) window.moveTo((screen.width/2)-(windowWidth/2+10),(screen.height/2)-(windowHeight/2+20));


</script>

in windowWidth=500; e windowHeight=500; si metono le dimensioni con cui apri la finestra e lei si centra.
Ciao a tutti