Cosa vuol dire " dicendogli di fare il boot dal sistema operativo di B" ? Editare il file boot.ini per mettere come default l'altra partizione ?
Il file boot.ini (per quanto ne so io) deve risiedere nella partizione che è indicata come "di sistema" (lo puoi vedere nella "gestione computer" - "gestione disco") quindi non credo basti farne una semplice copia nell'altra partizione....