non capisco il tuo problema....

se la linea può essere inserita ovunque devi usare un editor.
cosa vuoi fare scrivere un programma che editi i file?

oppure questa linea deve essere inserita in modo preciso dopo una determinata stringa?
a quel punto la cosa si semplifica.
Io userei in tal caso python, ma credo si possa fare anche con la bash.

Chiarisci il tuo problema, poi forse una mano arriva