Un modo di procedere è questo:

1) Leggi tutto il file, riga per riga, come hai già fatto.

2) Ogni volta che leggi una riga ce l'hai in un oggetto String (s), che puoi manipolare a tuo piacimento: puoi controllare se ci sono i caratteri che devi eliminare (utilizzando, per esempio, il metodo indexOf() che restituisce la posizione della stringa passata come parametro, se esiste), quindi puoi elaborarla facendo uso dei metodi substring() per "tagliare" la stringa e/o concat() per concatenare stringhe (lo puoi fare anche con l'operatore + ).

3) Salvi ciascuna delle righe in un Vector (così non ti devi preoccupare di quante siano queste righe).

4) Ricostruisci l'intero file salvandoci dentro ciascuna delle righe salvate nel Vector.


Ciao.