Non ci capiamo.

Tu per lungo intendi largo (attributo width) ?

Cosa contengono i due div? Uno contiene cose molto larghe o molto strette? Il problema e` che uno e` piu` largo di 100% o piu` stretto di 100% ?

Hai provato a mettere nel CSS
width: 100% !important;

E con la DTD XHTML Transitional hai provato?