credo ci sia un sistema più semplice per ancorare dei layer a determinati punti che javascript e determinazione della risoluzione, tra l'altro se ti serve forse ci sono delle percentuali in questo caso che succede a finestre non a tutto schermo?

basta infilare i layer dentro degli elementi in position:relative, a qualunque risoluzione dovunque si andranno a posizionare i layer li seguiranno.