Se hai il BorderLayout dubito che qualsiasi cambiamento della dimensione abbia effetto: il JInternalFrame, infatti, prende tutta la dimensione a sua disposizione... è il LayoutManager a ingrandire automaticamente il JInternalFrame in modo da occupare tutto lo spazio a disposizione.

Se hai a che fare con controlli come JInternalFrame io ti consiglio di togliere il LayoutManager, in modo da poter stabilire tu le dimensioni (e la posizione) del JInternalFrame (ha poco senso, infatti, un JInternalFrame che non si sposta dove e come vuole l'utente).
codice:
mioFrame.getContentPane().setLayout(null);
Ciao.