Non dovresti perdere i dati perchè sovrascrive solo i file di sistema, nel dubbio però, se ne hai la possibilità ti consiglio di attaccare il tuo hd settato a slave su un altro pc, meglio se ha almeno win2k come SO, e da lì fare backup dei tuoi dati.
Dopo di che procedere come spiegato nel tutorial che hai linkato.
Se hai salvato i tuoi dati importanti, alla mal parata, puoi sempre formattare e reimmetterli dopo che reinstallato il tuo sO.
ciao .