Non sono ferratissimo sulle regexp però prova con (supponendo che tutto il testo originale sia in $line):
codice:
$data_scadenza = preg_replace("#\[SCAD\]#(.*?)\[/SCAD\]#","\\1",$line);
$newline = preg_replace("#\[SCAD\]#(.*?)\[/SCAD\](.*?)#","\\1 \\2",$line);