Perche' comunque vadano le cose tu invii il form... e ricarichi la pagina

Modifica:

function CheckForm() {
var CFok=codiceFISCALE(document.modulo.cfisc.value);
if (CFok==false) {
document.getElementById('risposta').innerHTML="Il Codice Fiscale inserito è errato";
} else {
document.getElementById('risposta').innerHTML="Il Codice Fiscale inserito è formalmente corretto";
}
return CFok;
}
</script>

...
...

<FORM NAME="modulo" onSubmit="return CheckForm();">

ciao

ps: se il form non deve essere mai inviato sostituisci
return CFok;
con
return false;