Meno problemone di quel che pensi...

In fase di upload potresti far anteporre al nome del file ad esempio anno & mese & giorno & ora & minuti & secondi in cui l'utente fa l'upload.
Se il file viene uploadato il 21/05/2004 alle 12:30:45 e si chiama pippo.zip, potresti renderlo unico modificandolo così:

20040521123045_pippo.zip

Ora e date le recuperi facilmente.
Così eviti pure che un file con lo stesso nome venga sostituito.

Chiaro??