Ok suppongo tutti i messaggi siano in una tabella del database ed ogni messaggio abbia un suo id univoco.
Ora ti crei una tabella che abbia il campo "father_id" (o come vuoi chiamarlo tu non so "message_id") in cui ci sia l'id univoco del messaggio, in modo che quando vuoi visualizzare tutti i commenti del messaggio numero 1 ti basterà fare una ricerca nel db in cui father_id (o message_id) sia uguale a 1. Tutto qui