In effetti dovresti fare un uso particolare dell'INNER JOIN per raggiungere il tuo scopo e a memoria non ricordo qual'è... Se ti può andare bene fare 2 query distinte è sufficiente chiamare 2 volte l'istruzione mysql_query($stringa_SQL) (suppongo che tu usi MySql ma è indifferente) in questo modo:
Codice PHP:
$res1 = mysql_query($strSQL1);
$res2 = mysql_query($strSQL2);