prova così:
crei una nuova cartella e la chiami "fscommand"
questa cartella deve trovarsi allo stesso livello del tuo swf.
nella cartella fscommand metti il tuo .exe
poniamo il caso che tu debba aprire l'applicazione tramite un pulsante da flash.
al pulsante assegni:

on (release) {
fscommand("exec", "tuaapplicazione.exe");
}