puoi usare bcompiler...cosi l'unico codice distribuito in chiaro sarebbe quello che include il programma compilato con bcompiler...

ovvero

codice:
<?php
  include('main.php');
  $app = &new GtkApp();
  $app->start();
?>
ovviamente dentro main ci deve stare una classe chiamata GtkApp con il metodo start che fa il tutto ^^