la struttura che ho è questa

root
|_sito1
|_sito2
!_sito3

\Ora se io metto il contenuto di sito1 in root posso accedere e usare il sito normalmente.
Mentre con la situazione che vedi l'accesso è negato a tutte le sottodir della root

Puoi aiutarmi??

Grazie 1000!