Il timeout puo` essere salvato in una variabile, oppure no.
Se viene salvato, puoi resettarlo oppure rinominarlo, altrimenti no.

Nel tuo script usi il timeout senza salvarlo, per cui non hai modo di fermarlo.
Per poterci lavorare devi usarlo con varibile=setTimeout(...) SEMPRE nel tuo script.

Per fermare il timeout devi dare il comando:
clearTimeout(variabile);