Il JS riconosce e scrive solo il punto.
Si puo` cambiare il punto in vigola e viceversa nella stringa:

function ricarico(prezzo_acquisto, ricarico) {
var pa = parseFloat(prezzo_acquisto.value.replace(/\,/,"."));
var ri = parseFloat(ricarico.value.replace(/\,/,"."));
var tot = pa * ri / 100 + pa;
tot = Math.round(tot*100) / 100;
document.form1.c11.value = String(tot).replace(/\./, ",");
}

Attenzione all'ordine: prima le moltiplicazioni, poi le divisioni, altrimenti perdi in precisione (non in algebra, solo in informatica)