con flash si sta ovviando al problema anche in altro modo:
devi pubblicare (l' swf) con l' opzione finestra settata a opaque windowless o transparent windowless

o manipolare direttamente il codice che incorpora l' swf
codice:
<OBJECT ...><PARAM NAME=wmode VALUE=opaque>...<EMBED ... wmode="opaque" ...></EMBED></OBJECT>
da quel punto in poi decide la versione del flash player installato sul browser:
con la 7 vedo i livelli sopra agli swf, almeno con IE e mozilla vari su piattaforma windows

non so se possa bastare, dipende dalle tue esigenze di compatibilità
ciao