Non sono criptati...si tratta semplicemente di file eseguibili, cioè file che contengono istruzioni pronte per essere eseguite dalla CPU.

Le risorse incorporate nelle applicazioni, generalmente, giacciono in un'area loro dedicata ben precisa e identificabile nel caso in cui tu voglia "estrarre" risorse quali icone, bitmap, ecc.

Per estrarre tali icone, si può usare un tool come Resource Hacker, mentre per modifiche interne di carattere generale puoi avvalerti di un comune editor esadecimale, ma i rischi di compromettere il programma stesso con un'operazione simile sono alti, soprattutto se non si ha la cognizione dei luoghi in cui è possibile mettere le mani.