Beh!...Non ci sono molti consigli da darti...io non so dove consigliarti di cercarti uno script gia fatto, ti posso dire che PHP mette a disposizione delle funzioni per fare il listing di UNA cartella; per avere tutta una struttura multicartella devi creare tu una funzione ricorsiva che sfogli il PATH desiderato. Per quanto riguarda l'esclusione di una o più cartelle, devi essere sempre tu a predisporre la tua funzione a fare questo.