1.linearmente a seconda di cosa vi è scritto prima nel codice hmtl.

2. Scrivi codice semanticamente corretto per evitare che il browser debba interpretare il tuo codice.
ES: se vuoi scrivere una pagina XHTML Strict assicurati di seguirne scupolosamente la grammatica e le regole.

3. il fatto che tu unisca le celle è perchè usi un editor visuale ma nella sostanza cambia solo leggermente il codice generato, il borwser mica replica quello che hai fatto tu per creare la pagina , il browser giunto alla tabella leggerà un colspan oppure un rowspan e si comporterà di conseguenza.

4. Dipende, se hai uno script che deve essere replicato su più pagine ti conviene importarlo altrimenti puoi benissimo incorporarlo nella singola pagina che ti interessa.

Sperando ti esserti stato di aiuto colgo l'occasione per porgerti distinti saluti.