Fai puntare la root del sito FTP ad una cartella vuota.
Le directory degli utenti le metti in un'altra cartella, e crei una virtual directory per ogni utente assegnandovi i corrispettivi permessi.
In questo modo chi sfoglierà la root non vedrà tutte le altre cartelle, e potrà accedere alla sua semplicemente inserendo l'indirizzo completo ftp.dominio.it/utente