Se hai conservato un riferimento alla loro apertura si, altrimenti... no.

rif1 = window.open("pag1.htm")
rif2 = window.open("pag2.htm")
... ecc

...

if (rif1&&!rif1.closed) rif1.close();
if (rif2&&!rif2.closed) rif2.close();
... ecc


ciao