Si basa su una variabile.
In pratica a seconda di dove clicchi, il menu manda alla pagina anche una variabile che inserisce nel codice html, il filmato flash la legge e a seconda del suo valore apre o meno un menu.

Prova

http://flash-mx.html.it/menuFlash5.swf

Ora prova

http://flash-mx.html.it/menuFlash5.swf?q=1

(o 2,3,4...)

E vedi che mantiene aperta una sezione diversa.