con la funzione imap_msg_num($streamconnessione) ottienni il numero dei messaggi presenti nella tua mailbox, i messaggi vanno da 1 al risultato della funzione sopra citata, per accedere tramite imap_bodystruct() puoi usare direttamente il numero del messaggio, se vuoi un ID univoco devi usare la funzione imap_uid($nummsg) passando il numero del messaggio (http://it.php.net/manual/it/function.imap-uid.php)

ti chiedo un favore se riesci a settare permanente i FLAG mi daresti una mano che non ci riesco?