In quel codice ci sono due funzioni e il richiamo ad una di esse.

Le due funzioni possono stare nello script esterno, il richiamo deve stare nella pagina.

Allo script togli l'ultima riga, che metterai nella pagina, in questomodo:
codice:
<script language="javascript" type="text/javascript" src="script.js"></script>

<script language="javascript" type="text/javascript">
newsWindow('news.php?org=codice',800,400)
</script>
Nota: gli apici attorno ai numeri non ci vanno: devi passare numeri non stringhe.