in /etc/init.d ci sono gli script di init.
I file che invece vengono letti all'avvio sono contenuti nella directory /etc/rcX.d, dove X va sostituito con il livello di init con cui parte il tuo sistema.
Solitamente in quelle directory non ci sono file ma link agli script che stanno in /etc/init.d, anche se nessuno ti vieta di copiare direttamente il file nella dir del tuo init di default. (è una questione di ordine).
N.b. la dir /etc/rcX.d potrebbe non trovarsi nella precisa posizione che ti ho detto, dipende dalla tua distro.
al massimo dai questo comando:

locate rc2.d