Se vuoi avere la possibilità di accedere ai dati sia da Linux che da Win, crea una partizione FAT32 (su NTFS linux ha problemi in scrittura) che userai come partizione di scambio per condividere i file tra i due sistemi.

Riepilogando:

Partizione Win (NTFS o FAT32)
partizione di scambio (FAT32)
Partizione Linux

La partizione FAT penso che tu la possa creare avviando con inserito il cd di XP (credo) o con il cd di linux. Se sia possibile farlo da console...non saprei.