sei sicuro che il kernel in uso punti a linux in /usr/src ?
dai un emerge unmerge nvidia-glx nvidia-kernel e se li hai installati dal sito di nvidia
sh NV* --uninstall
poi prova a reinstallarli
prima di dare il modprobe nvidia dai
opengl-update nvida
con i kernel successivi si doveveva mettere una patch al kernel (move-__this_module-to-modpost.patch)
http://forums.gentoo.org/viewtopic.php?t=161788