Allora.. nella programmazione ad oggetti, detto molto terra-terra e senza paroloni, tu ti prepari l'oggetto come vorresti che fosse, poi lo utilizzi; in pratica prima ti fai una classe ( ad esempio la classe punto che hai visto ); nel tuo esempio la classe contiene due attributi, x e y; in realtà però quello non è una cosa tangibile con cui puoi operare direttamente; dici solo che un oggetto di tipo punto ha x e y; ti occorre qualcose di concreto su cui operare; ebbene questo qualcosa di concreto è l'"istanza"; l'istanza di un oggetto non è altro che una cosa con cui il programmatore può operare; per istanziare l'oggetto utilizzi il cosiddetto costruttore ( nella chiamata che fai con punto1 = new Punto(); utilizzi il costruttore di default new Punto() che non accetta niente in ingresso e non esegue nessuna operazione in particolare ); una volta creato l'istanza ( e cioè l'oggetto da manipolare ), puoi manipolare i suoi attributi ( e cioè x ed y ) accedendo ad essi attraversao la dot notation ( e cioè punto1.x e/o punto1.y ); spero di averti chiarito le idee e non di averti confuso ulteriormente.
Ciao